¿Por qué “subsiste en” en lugar de “es”?

Te refieres al párrafo 8 de Lumen gentium (LG), el Vaticano II Constitución Dogmática sobre la Iglesia. La palabra subsiste a menudo se ha malinterpretado y, en ocasiones, tergiversado intencionadamente.

Lo hace no está significa que existe como un subconjunto, como si solo una parte de la Iglesia existiera en la Iglesia Católica, es decir, otras partes existieran en otros lugares. Bastante, subsiste significa "existir como una sustancia", y sólo hay one sustancia de la Iglesia, es decir, de la Iglesia católica, como dice LG 8:

Esta Iglesia constituida y organizada en el mundo como sociedad, subsiste en la Iglesia Católica, la cual es regida por el sucesor de Pedro y por los obispos en comunión con él, aunque muchos elementos de santificación y de verdad se encuentran fuera de su estructura visible. Estos elementos, como dones propios de la Iglesia de Cristo, son fuerzas que impulsan hacia la unidad católica. (El subrayado es nuestro).

Entonces por qué subsiste en en lugar de is? Como bien resumió el cardenal Joseph Ratzinger, entonces prefecto de la Sagrada Congregación para la Doctrina de la Fe, en la declaración de 2000 Dominus Jesús (DI):

con la expresión subsistir en, El Concilio Vaticano II buscó armonizar dos declaraciones doctrinales: por un lado, que la Iglesia de Cristo, a pesar de las divisiones que existen entre los cristianos, continúa existiendo plenamente sólo en la Iglesia Católica, y por otro lado, que “fuera de su estructura se pueden encontrar muchos elementos de santificación y de verdad”, es decir, en aquellas iglesias y comunidades eclesiales que aún no están en plena comunión con la Iglesia católica. Pero con respecto a estos, es necesario afirmar que “derivan su eficacia de la plenitud misma de la gracia y de la verdad confiada a la Iglesia católica” (DI 16, cursiva agregada; notas a pie de página omitidas; ver DI 17).

Por eso LG 14 puede hablar de aquellos que están plenamente incorporados o miembros de la Iglesia versus aquellos que están vinculados –cristianos bautizados pero no plenamente incorporados–, es decir, nuestros hermanos y hermanas protestantes (LG 15; ver también CIC 846-48).