¿Alguna vez se separaron los géneros en la misa católica?

Sí. Era una práctica bastante común en muchas culturas católicas hasta mediados del siglo XX. Si bien el Código de Derecho Canónico de 1917 no exigía la separación de hombres y mujeres en la Misa, sí la recomendaba ( canon 1262 §1 ). El Código de 1983 no menciona en absoluto esta práctica.

Esta práctica es muy antigua. San Cirilo de Jerusalén y San Agustín la mencionan explícitamente en el siglo IV. Probablemente se heredó y se transmitió de la misma práctica en las antiguas sinagogas.

Muchas iglesias más antiguas tienen una estatua de San José en un lado del altar principal y una estatua de la Santísima Madre en el otro lado como vestigio de cuando esta práctica era más común. Algunas iglesias más antiguas incluso tienen todas las imágenes de santos varones en un lado y santas en el otro.

La práctica parece haber sido común en algunas zonas y no en otras. Sería difícil calificarla de costumbre universal, pero ciertamente no era infrecuente.