En su tesis, titulada 'Recuperando la antigua perspectiva sobre Pablo: Agustín, Tomás de Aquino y la cuestión de la participación en Cristo', aboga por la lectura que Agustín y Tomás de Aquino hacen de Pablo con respecto a la naturaleza de la participación en Cristo. John es coautor, junto con Scott W. Hahn, de un artículo titulado 'El sentido literal múltiple en el comentario de Tomás de Aquino sobre Romanos y la hermenéutica paulina moderna', que fue publicado en 2012 por CUA Press en Reading Romans with St. Thomas Aquinas, editado por Matthew Levering y Michael Dauphinais. Los intereses de investigación de Juan se centran en los proyectos teológicos de Agustín y Tomás de Aquino, los estudios paulinos contemporáneos y la relación entre la Modernidad y los estudios bíblicos contemporáneos. John solicitará el mandato de Robert Brom, obispo de San Diego, como reconocimiento eclesial de la postura y el compromiso de John de enseñar siempre en comunión con la Iglesia.
John es candidato a doctorado y estudia con el profesor Michael Waldstein en la Universidad Ave Maria. Defenderá su tesis en julio de 2014. Recibió un Th.M. de Duke Divinity School y una maestría en Teología (MA) del Covenant Theological Seminary.