Fr. Mark Doherty, el tercero de los cuatro hijos de Patrick y Marie-Annick Doherty, nació en Tacoma, Washington, el 28 de agosto de 1980. Los primeros años de vida de Doherty los pasó en África occidental (Sierra Leona y Burkina Faso), donde su padre trabajaba para Catholic Relief Services. En el verano de 1982 la familia se mudó a San Francisco. Mark y sus hermanos asistieron al Lycée français, la escuela St. Monica y la preparación de la Catedral del Sagrado Corazón.
Al final de su segundo año en la Universidad de California en Davis, Mark interrumpió sus estudios para ingresar al noviciado de la Provincia de California de la Compañía de Jesús (jesuitas). En el transcurso de sus diez años como miembro de la Compañía de Jesús, el P. Doherty estudió en la Universidad de St. Louis (Licenciatura en Historia), el Centro Sèvres - facultés jésuites de Paris, la Universidad de Fordham (Maestría en Recursos Filosóficos) y el Hospital y Clínicas de la Universidad de Stanford. Entre otras cosas, también enseñó durante tres años en el Jesuit High en Carmichael, hizo una pasantía para la Misión de la Santa Sede ante las Naciones Unidas en Nueva York y enseñó inglés en el Colegio Sao José en Dili, Timor Oriental.
Después de su salida de la Compañía de Jesús, Mark enseñó en Marin Catholic High School durante un año antes de ingresar al Seminario St. Patrick para reanudar sus estudios para el sacerdocio. Al final de tres años de estudios en St. Patrick, el P. Doherty fue ordenado sacerdote en junio de 2014.
Durante los próximos dos años el P. Doherty se desempeñó como vicario parroquial de las parroquias de San Pedro y San Antonio de Padua en el Distrito de la Misión de San Francisco. También se desempeñó como capellán del Hospital General de San Francisco y de su alma mater, Sacred Heart Cathedral Prep. En septiembre de 2016 el P. Doherty se mudó a Suiza para retomar sus estudios de posgrado en la Universidad de Fribrourg. Habiendo obtenido su Licencia en Teología Sagrada en 2018, fue nombrado "diplomé asistente" de la Cátedra de Teología Moral Fundamental mientras continuaba trabajando en su tesis. Durante sus cuatro años en Suiza, el P. Doherty también asumió una serie de cargos pastorales, incluido el de sacerdote responsable de la comunidad católica de lengua inglesa de Berna y capellán de Philanthropos (Friburgo).
En el verano de 2020 el P. Doherty renunció a su puesto como asistente en la Universidad de Friburgo para regresar al Seminario St. Patrick, donde asumiría el cargo de director de liturgia mientras continuaba trabajando en su tesis. El 1 de octubre de 2020, el P. Dan Donohoo, habiendo dimitido de su cargo de rector del seminario por motivos de salud, el arzobispo Cordileone nombró al p. Doherty, rector y presidente interino de St. Patrick's. El 24 de febrero de 2021, el Patronato votó para nombrar al P. Doherty a un mandato de cinco años como rector del Seminario St. Patrick.