Bishop Cirilo Flores Nació en Corona, California, el 20 de junio de 1948, tercer hijo de Cirilo y Armida Flores (fallecida). Tiene tres hermanos y dos hermanas, todos residentes de California. Asistió a escuelas locales y se graduó en la escuela parroquial St. Edward, Corona, y en la escuela secundaria Notre Dame, Riverside.
El Obispo Flores recibió una licenciatura de la Universidad Loyola Marymount, Los Ángeles y el título de Juris Doctor en Derecho de la Facultad de Derecho de la Universidad de Stanford. Ejerció la abogacía en los condados de Riverside y Los Ángeles durante diez años antes de ingresar al Seminario St. John en Camarillo en 1986.
Fue ordenado sacerdote para la Diócesis de Orange el 8 de junio de 1991 por el obispo Norman McFarland. Se desempeñó como vicario parroquial en la parroquia de Santa Bárbara (Santa Ana), San Joaquín (Costa Mesa), Nuestra Señora del Monte Carmelo (Newport Beach, administrador) y Nuestra Señora de Guadalupe (La Habra). En 2000, fue nombrado párroco de la parroquia St. Anne en Santa Ana. En septiembre de 2008, fue nombrado párroco de la parroquia St. Norbert, Orange.
El Obispo Flores fue nombrado Obispo Titular de Quiza y Obispo Auxiliar de la Diócesis de Orange por el Papa Benedicto XVI el 5 de enero de 2009. Fue ordenado episcopado el 19 de marzo de 2009. El Obispo Tod Brown lo nombró para servir como Vicario de Caridades para la Diócesis.
El 4 de enero de 2012, se anunció que el Papa Benedicto había nombrado al Obispo Flores para servir como Obispo Coadjutor de la Diócesis de San Diego, para suceder al Obispo Robert Brom tras su retiro.
Mientras se desempeñaba como Obispo Auxiliar de Orange, el Obispo Flores sirvió en el Subcomité de América Latina de la Conferencia de Obispos Católicos de los Estados Unidos y en el Subcomité de Asuntos Hispanos de la USCCB.
Para la Conferencia de Obispos Católicos de California, es el presidente del Comité de Libertad Religiosa y el enlace episcopal para RECOPS, el Consejo de Senados Sacerdotales de la Región Once.