Samuel J. Aquila nació el 24 de septiembre de 1950 en Burbank, California. Fue ordenado sacerdote en Denver, Colorado, el 5 de junio de 1976, y sirvió en el ministerio parroquial durante 11 años. En 1987, inició estudios de posgrado en la Universidad San Anselmo de Roma, obteniendo la Licenciatura en Teología Sacramental en 1990.
Se desempeñó como Director de la Oficina de Liturgia y Maestro de Ceremonias en la Arquidiócesis de Denver desde 1990 hasta 1995. Luego sirvió en la Arquidiócesis como Codirector de Educación Continua para Sacerdotes, como asesor del Comité del Obispo sobre Liturgia y como Subsecretario de Educación Católica antes de ser nombrado Secretario de Educación Católica.
De 1999 a 2001, se desempeñó como primer rector del Seminario Teológico St. John Vianney en Denver y director ejecutivo del Instituto Teológico Nuestra Señora del Nuevo Adviento. En 2000, fue nombrado Prelado de Honor por el Papa Juan Pablo II, recibiendo el título honorífico de Monseñor.
Fue nombrado Obispo Coadjutor de Fargo el 12 de junio de 2001, y su Misa de Ordenación Episcopal se celebró en la Catedral de Santa María en Fargo el 24 de agosto de 2001. El 18 de marzo de 2002, se convirtió en obispo de Fargo, tras la jubilación del Obispo. James Sullivan. El 24 de febrero de 2005, también fue nombrado Administrador Interino de la Diócesis de Sioux Falls. Ocupó este cargo hasta que el Reverendo Paul J. Swain fue ordenado nuevo obispo de la Diócesis de Sioux Falls el 26 de octubre de 2006.
El Arzobispo Aquila forma parte del Consejo Asesor de Obispos para el Instituto de Formación Sacerdotal. Es miembro de la Conferencia de Obispos Católicos de los Estados Unidos, en la que se ha desempeñado como miembro de varios comités.
El Reverendísimo Samuel J. Aquila fue instalado como nuevo arzobispo de Denver el 18 de julio de 2012 en la Catedral Basílica de la Inmaculada Concepción de Denver. El arzobispo Aquila ha elegido como lema episcopal: “Haz lo que él te diga vosotros (Jn 2)”.