Sorprendida por el rápido avance de la Revolución Protestante, la Iglesia inició su muy necesaria reforma con el concilio ecuménico de Trento (1545-1563). El concilio que sentaría las bases de la Reforma Católica siguió otro desarrollo importante, cuando en 1540 el Papa Pablo III aprobó la Compañía de Jesús. Los jesuitas, como serían llamados, comenzaron su labor varios años antes en París, cuando Ignacio de Loyola y varios compañeros (entre ellos Francisco Javier) se comprometieron a vivir los consejos evangélicos (pobreza, castidad, obediencia) y a ir a Roma y situarse al servicio del Papa.
Ignacio imaginó que su nueva orden participaría en la reforma de la Iglesia centrándose en la educación (catequesis) y alentando a los laicos a participar con frecuencia en los sacramentos, especialmente la confesión y la Eucaristía. Este enfoque llevó a que una multitud de maestros y misioneros jesuitas sirvieran en territorios fuertemente protestantes y en lugares remotos del mundo que nunca habían escuchado el Evangelio, todo para ganar almas para Cristo.
Aunque el proceso de formación de los jesuitas fue largo y la vida en la Sociedad era difícil, los hombres se unían por miles. La Sociedad estableció universidades en toda la cristiandad con el fin de formar tanto a los miembros de la orden como a los laicos católicos para participar plenamente en la Reforma Católica. El pequeño grupo iniciado por San Ignacio y sus compañeros se convirtió en un elemento poderoso e influyente dentro de la Iglesia y la cristiandad un siglo después de la muerte del fundador en 1556. En el siglo XVIII, había más de 20,000 jesuitas dirigiendo cerca de setecientas universidades, colegios, y seminarios. La Sociedad contribuyó al prestigio de los gobernantes seculares y del papado, pero su influencia no fue universalmente apreciada. Los intelectuales antirreligiosos y los monarcas de mentalidad absolutista se volvieron cautelosos, envidiosos y, en última instancia, opuestos a los jesuitas.
Los escritos filosóficos de René Decartes (1596-1650), probablemente sin su intención, provocaron un movimiento opuesto a la Iglesia y su comprensión de la filosofía. En el siglo XVIII, la “era de la razón” y la “iluminación” produjo una cosecha de pensadores, escritores y políticos radicalmente opuestos a la Iglesia y su influencia en el mundo. François-Marie Arouet (1694 – 1778), conocido por su seudónimo Voltaire, fue uno de esos individuos. Aunque educado por jesuitas, Voltaire abrazó creencias anticatólicas y trabajó incansablemente para destruir la “cosa infame”, su apodo para la Iglesia. Voltaire reconoció que la única manera de limitar la influencia de la Iglesia y lograr una sociedad secular era tomar el control de las instituciones de educación superior en Europa, lo que requería la destrucción de los jesuitas. Se jactó de que con los jesuitas derrotados “no quedará nada de la Iglesia”. Para promover su agenda, los pensadores de la Ilustración iniciaron una campaña concertada contra la Compañía de Jesús.
Muchos gobernantes seculares desconfiaban de los jesuitas debido a su enorme influencia y su independencia. Los jesuitas eran ferozmente leales al Papa, a quien muchos reyes veían como un príncipe extranjero decidido a inmiscuirse en sus asuntos internos. A medida que estos monarcas se concentraban en crear un estado centralizado, veían cada vez más a los jesuitas como un obstáculo para sus planes. Frustrados e irritados por los jesuitas, varios gobernantes seculares del siglo XVIII ejercieron una intensa presión política sobre los pontífices romanos para que hicieran algo con respecto a la entrometida Sociedad. Sin embargo, estos gobernantes no esperaron la actividad papal, ya que muchos comenzaron sus propias campañas de represión y expulsión.
El rey José I (r. 1750 – 1777) deseaba reformar Portugal para que pueda ser una potencia líder en Europa Occidental. Puso gran poder y autoridad en manos de Sebastião José de Carvalho e Melo, conocido como el Marqués de Pombal, para realizar esta tarea. Creyendo que los jesuitas eran una amenaza, Pombal inició una campaña de propaganda concertada dirigida a crear una imagen negativa de los jesuitas en la mente del rey y del pueblo portugues. En 1759, Pombal convenció al rey para que firmara un decreto denunciando a la Sociedad y ordenando su expulsión de Portugal y sus territorios de ultramar.
El siguiente ataque a la Sociedad provino de Francia, la “Hija Mayor de la Iglesia”. El París Parlement, el más importante de los trece tribunales provinciales de apelación encargados de registrar y aprobar los decretos reales, inicialmente restringió la entrada de súbditos franceses a la Compañía y prohibió a los jesuitas enseñar teología, luego prohibió a los ciudadanos asistir a las escuelas jesuitas. El ParlementLas declaraciones antijesuitas de Francia culminaron en 1764, cuando el rey Luis XV (r. 1715-1774) firmó un decreto expulsando a los jesuitas de Francia y sus dominios.
Reconociendo la grave amenaza que tales ataques planteaban a la Sociedad y a la Iglesia en su conjunto, el Papa Clemente XIII (r. 1758-769) defendió el papel y la misión de la Sociedad en la Iglesia en la bula Apostolicum pascendi en 1765. A pesar de la defensa papal, continuó el ataque a la Compañía por parte de los gobernantes seculares europeos. En España, la nación de origen de Ignacio, los jesuitas fueron atacados por Bernardo Tanucci, primer ministro y asesor en Nápoles del rey Carlos III (r. 1759-1788). Tanucci despreciaba a los jesuitas y a la Iglesia y continuamente buscaba limitar el poder y la influencia de ambos. Convenció al rey para que ordenara la expulsión de todos los jesuitas de España y sus colonias en 1767.
En sólo doce años, la Sociedad fue perseguida despiadadamente en tres países donde había sido muy eficaz e influyente. Los jesuitas, que alguna vez fueron los campeones de la Reforma católica y un grupo poderoso y prominente dentro de la Iglesia y Europa, estaban aturdidos y debilitados, pero su mayor derrota aún estaba por llegar.
Giovanni Vincenzo Antonio Ganganelli fue educado por los jesuitas cuando era joven y discernió una vocación religiosa. Ingresó a los Franciscanos Conventuales en 1723, tomando el nombre religioso de Lorenzo. Fue ordenado sacerdote y realizó estudios académicos avanzados, obtuvo un doctorado y enseñó en una universidad. El Papa Clemente XIII, que se había hecho amigo del P. Ganganelli, lo nombró cardenal en un momento en que la controversia jesuita dominaba el pontificado. El cónclave para elegir al sucesor de Clemente se reunió ante una petición formal de los gobernantes de Portugal, Francia, España y Nápoles de suprimir la orden.
Varios cardenales creían que la represión era la única alternativa viable para traer la paz entre la Iglesia y esos reinos. Hubo mucho debate dentro del cónclave pero finalmente los cardenales eligieron a Ganganelli, quien adoptó el nombre de Clemente XIV (r. 1769-774). Clemente XIV esperaba resolver pacíficamente la cuestión jesuita, pero estuvo bajo intensa presión política durante todo su pontificado. Después de un intento fallido de aplacar a los poderes seculares antijesuitas mediante duras medidas contra la Compañía, emitió el breve Dominus ac Redentor el 21 de julio de 1773, que suprimió formalmente la Compañía de Jesús.
Fue, como escribió el historiador Eamon Duffy, “la hora más vergonzosa del papado”. Clemente culpó parcialmente de su acción a la propia Sociedad por sembrar semillas de disensión y discordia entre los gobernantes seculares y otras órdenes religiosas. Lamentablemente, el Papa ordenó el arresto y encarcelamiento del Superior General de la Compañía, Lorenzo Ricci, en Castel Sant'Angelo, donde murió más tarde. La acción de Clemente XIV contra la Sociedad dejó una mancha tan significativa en la historia del papado que desde entonces ningún Papa ha tomado el nombre de Clemente.
Aunque la represión fue universal, hubo áreas donde los jesuitas continuaron operando sin obstáculos (especialmente en áreas con monarcas no católicos). El mundo monárquico quedó patas arriba con la creación de los Estados Unidos y la Revolución Francesa a finales del siglo XVIII. Desesperado por revivir la educación superior católica y reinando durante una época en la que la Iglesia ya no enfrentaba la oposición de las mismas autoridades seculares que clamaban por la supresión de la Compañía, el Papa Pío VII (r. 1800-1823) restableció a los jesuitas el 7 de agosto de 1814. Una vez más, a los hijos de Ignacio se les permitió dirigir universidades, colegios y emprender aventuras misioneras.
Los cuarenta y un años de supresión fueron una época oscura en la historia de la Compañía, pero la visión de San Ignacio y sus compañeros no pudo oscurecerse para siempre.