Casi un cuarto de siglo después de que el Papa León X condenara las enseñanzas del revolucionario monje agustino Martín Lutero y después de años de agitación política y religiosa, Alessandro Farnese fue elegido papado, tomando el nombre de Pablo III (r. 1534-1549).
La Revolución Protestante estaba en plena vigencia y se necesitaba una respuesta universal. El Papa Pablo reconoció la necesidad de una reforma en la Iglesia y sentó las bases de lo que se conoció como la Reforma Católica (a veces, de manera inapropiada, denominada “Contrarreforma”).
Vio el programa en tres etapas; reforma de la curia papal, llamando a una concilio ecuménicoy la implementación de reformas por parte del papado. Pablo centró sus energías en convocar un concilio ecuménico, que consumiría la mayor parte de su pontificado. Programar el gran evento y completar su trabajo en tiempos históricamente turbulentos resultaría, cuando menos, difícil.
Pablo III convocó a que el concilio se celebrara en la ciudad de Mantua, en el norte de Italia, pero su plan se vio sumido en el caos cuando estalló la guerra entre Francia y el Sacro Imperio Romano Germánico en el verano de 1536 por el control de Milán. Además, el duque de Mantua le dijo al Papa que no podía garantizar la seguridad de los obispos reunidos sin miles de tropas estacionadas a expensas del Papa.
Preocupado por la presencia de soldados armados en la ciudad daría lugar a acusaciones de coerción, Paul decidió posponer el concilio hasta que pudiera encontrar otro lugar. Vicenza acordó albergar el concilio en mayo de 1538 y Pablo llamó a los obispos a la ciudad. Cuando llegaron pocos obispos, el Papa, una vez más, pospuso el concilio. Tres años más tarde, el Papa Pablo III y el emperador Carlos V se reunieron en Italia para discutir el concilio, y el emperador sugirió la ciudad imperial de Trento como lugar para el concilio. El Papa estuvo de acuerdo y emitió una bula convocando a que el concilio se reuniera en Trento en noviembre de 1542. Sin embargo, la continua guerra en Europa impidió la llegada de un número suficiente de obispos y el concilio fue nuevamente suspendido. Finalmente, se logró la paz y el concilio comenzó el 13 de diciembre de 1545.
El Concilio de Trento es una de las reuniones más importantes de la historia de la Iglesia. Llamado a definir la auténtica doctrina católica en respuesta a la revolución protestante y marcar el comienzo de un período de auténtica reforma, las sesiones del concilio durarían dieciocho años (debido a dos largas suspensiones). Pero el trabajo real del concilio duró cuatro años y medio y abarcó tres pontificados. El concilio produjo más decretos y cánones por volumen que toda la legislación de los dieciocho concilios anteriores.
La primera reunión tuvo lugar entre 1545 y 1547 y se centró principalmente en establecer los procedimientos a utilizar para llevar a cabo los asuntos conciliares. También aprobó decretos relativos Sagrada Escritura y Sagrada Tradición, el canon de las Escrituras (los setenta y tres libros contenidos en la Vulgata), el Pecado Original y la Justificación. Los obispos rechazaron la doctrina protestante clave de la justificación “sólo por la fe”, declarando que la fe debe ir acompañada de esperanza y amor, e ilustrada en la vida a través de buenas obras. El concilio también inició una revisión doctrinal de los Sacramentos y definió el Bautismo y la Confirmación. Los decretos de reforma prohibieron el ausentismo (los obispos no vivían en su diócesis) y el pluralismo (un hombre como obispo de varias diócesis). Desafortunadamente, la gran obra iniciada por el concilio fue suspendida cuando un ejército papal que marchaba a través de Trento trajo tifus, enfermando a varios obispos e incluso matando a uno. Los padres del concilio votaron a favor de trasladar la reunión a Bolonia y volver a reunirse en cuarenta días, pero el cambio de ubicación propuesto enfureció tanto a Carlos V que Pablo III suspendió el concilio por otros cuatro años.
Cuando el concilio se reunió nuevamente, el Papa Julio III (r. 1550-1555), que había sido el legado papal principal en la primera reunión de Trento, sucedió a Pablo III. En este segundo encuentro, los obispos afirmaron la enseñanza católica sobre la Eucaristía, específicamente la doctrina de la transustanciación, así como los sacramentos de la penitencia y la extremaunción (unción de los enfermos). Otra suspensión conciliar se produjo en 1552, cuando un ejército protestante conquistó Innsbruck, a sólo 110 millas de Trento, y el Papa Julio temió un ataque a los obispos reunidos. Pasaría toda una década antes de que se reanudara el trabajo del consejo.
En la década intermedia, murió el Papa Julio III. y fue sucedido por Giovanni Angelo Medici, quien tomó el nombre de Pío IV (r. 1559-1565). Comprometido con la reforma, Pío IV convocó a los obispos del mundo a reunirse una vez más en Trento para la tercera reunión del concilio. Esta reunión fue la más productiva y con mayor asistencia, con más de 250 obispos. Los padres conciliares aprobaron decretos sobre la estructura jerárquica de la Iglesia, la vida religiosa, el Purgatorio, la veneración de las reliquias, la intercesión de los santos y las indulgencias. El consejo también se centró en la capacitación y formación del clero al ordenar el establecimiento de un “seminario” en cada diócesis de toda la Iglesia. El abuso de penas espirituales, como la excomunión y el interdicto, con fines políticos se abordó y se recordó a los obispos que usaran estas penas con moderación y para el propósito adecuado.
El concilio exigía a los obispos vivir en su diócesis y no ausentarse más de tres meses y nunca durante los tiempos de Adviento y Cuaresma. Se exhortó a los obispos a visitar todas las parroquias de la diócesis al menos una vez al año y a predicar todos los domingos. El singular ministerio del Romano Pontífice se destacó en respuesta a los ataques protestantes contra el papado. Para revitalizar la espiritualidad católica, los padres conciliares solicitaron la revisión y publicación del Misal Romano y el Breviario (Oficio Divino). Los padres conciliares también exigieron la creación de un catecismo universal que pudiera usarse para enseñar la fe con el fin de combatir los errores del protestantismo.
Después de tres reuniones durante un período de dieciocho años, el Papa Pío IV cerró el concilio el 4 de diciembre de 1563 y promulgó sus decretos. El Concilio de Trento cambió fundamentalmente la Iglesia Católica, que se volvió más vibrante, dedicada y centrada en la evangelización. En palabras del historiador francés Henri Daniel-Rops: “En 1563 existía efectivamente una nueva Iglesia católica, más segura de su dogma, más digna de gobernar las almas, más consciente de su función y sus deberes”.